Der 1982 in Weiden / Oberpfalz geborene Klarinettist studierte nach seinem Diplom 2008 an der HfM Köln in der Solistenkalsse an der HfM Stuttgart bei Prof. Norbert Kaiser; er war Stipendiat der Studienstiftung „Cusanuswerk“.

Matthias Mauerer erhielt u.a. den 1. Preis beim „Lions Club Musikwettbewerb“ für Klarinette und den 1. Preis, sowie den Publikumspreis beim 11. Internationalen Musikwettbewerb Osaka 2011. 

Nach einem Praktikum im Orchester der Oper Freiburg erhielt er 2007 einen Platz in der Akademie der Münchner Philharmoniker. Matthias Mauerer hatte 2008 einen Zeitvertrag am Staatstheater Kassel und spielte als Aushilfe u.a. im WDR Sinfonieorchester Köln, dem Deutschen Symphonieorchester Berlin und der Komischen Oper unter Dirigenten wie Christian Thielemann, Marc Albrecht und Subin Mehta.

Im September 2009 trat er einen Zeitvertrag am Badischen Staatstheater Karlsruhe als Soloklarinettist an, woran sich eine Festanstellung als stellv. Soloklarinettist am GÖTTINGER Symphonieorchester anschloss.

Neben seiner Tätigkeit im Orchester engagiert sich der Klarinettist rege in verschiedenen Kammermusikgruppierungen und ist in Göttingen pädagogisch tätig.